Ubisoft đã có một thời gian gây tranh cãi về việc sử dụng công nghệ chống sao chép StarForce, và được biết là gây ra một số vấn đề về phần cứng và vấn đề tương thích với hệ điều hành,bắt đầu với game Clancy's Splinter Cell: Chaos Theory,đã không tương thích với Windows XP Professional x64 Edition trong một thời gian, cho đến khi một bản vá lỗi được phát hành bởi các nhà sản xuất StarForce. Vào 14/4/2006, Ubisoft xác nhận rằng họ sẽ ngừng sử dụng StarForce trong các game của mình,với lý do khách hàng phàn nàn quá nhiều.

Trong tháng 2/2008,tạp chí game Electronic Gaming Monthly (EGM), trưởng ban biên tập Dan "Shoe" Hsu khẳng định rằng Ubisoft đã chấm dứt cung cấp mọi tựa game cho EGM với bất cứ mục đích nào,là kết quả cho những bài viết chỉ trích và đánh giá tiêu cực của EGM về Ubisoft.

Yves Guillemot,giám đốc điều hành(CEO) của Ubisoft, đã trích dẫn trong báo cáo quý III 08-09 doanh số bán hàng của công ty "một vài game của chúng tôi đã không đạt chất lượng như mong muốn để có thể khai thác hết tiềm năng mà chúng đáng ra phải có, chúng cần doanh số bán ra nhiều hơn là các dự kiến".

Vào tháng 1/2010, Ubisoft đã công bố trình bảo vệ bản quyền kỹ thuật số Online Services Platform, tập trung không chỉ vào việc khách hàng cần phải xác thực game có bản quyền từ lần đầu chạy game, mà còn phải kết nối trực tuyến và liên tục trong suốt quá trình chơi game,khi mất kết nối game sẽ bị dừng tạm thời.Điều này khiến cho một phiên bản copy của game không thể chơi khi không có kết nối internet, cũng đồng thời không thể bán lại đĩa game đó, và cũng có nghĩa rằng khi có trục trặc với máy chủ của Ubisoft, game đó (và có thể nhiều game khác) sẽ không thể chơi nổi. Tháng 2 năm 2010, hai phiên bản game Assassin's Creed 2 và Settlers 7cho máy tính để bàn đã bao gồm trình Online Services Platform này, và thay vì chỉ dừng tạm thời game khi mất kết nối, nó xóa toàn bộ mọi quá trình diễn ra trong game từ sau lần lưu(save) game gần nhất. Tuy nhiên, một bản vá lỗi sau đó cho Assassin's Creed II cho phép người chơi tiếp tục chơi khi có kết nối lại mà không mất quá trình trước đó.

Vào tháng 3/2010, có báo cáo về việc mất điện ở máy chủ theo dõi bản quyền của Ubisoft, khiến cho khoảng 5% khách hàng chính đáng không thể chơi Assassin's Creed 2 và Silent Hunter 5. Ubisoft ban đầu nói rằng đó là do số lượng người sử dụng cố gắng truy cập máy chủ của họ quá đông, tuy nhiên sau đó hãng lại nói rằng nguyên nhân của việc mất điện là do một cuộc tấn công từ chối dịch vụ.